Terminada la Guerra del Pacífico que enfrentó a Chile contra Perú y Bolivia (1879 – 1884), se buscó un referente para modernizar y profesionalizar su ejército. Uno de los primeros pasos para dar inicio a esta modernización fue la contratación en 1885 del capitán Emilio Körner, profesor de historia militar y táctica en la escuela de artillería de Charlottemburgo, Berlín.
A raíz de esto, en un trabajo conjunto con el sargento mayor Jorge Boonen Rivera, Körner propuso la creación de la Academia de Guerra de Chile según el modelo alemán, para el perfeccionamiento de los oficiales del ejército.
Así, el 9 de septiembre de 1886, se concreta su creación con la incorporación, a partir de 1887, de un curso de 15 oficiales. Su primera sede fue en la Inspección General del Ejército ubicada en la Alameda. Tras la Guerra Civil de 1891 funcionó en diversos recintos, entre ellos el Cuartel de Ingenieros en la plaza Vicuña Mackenna y una casa en Avenida España Nº 26.

Después de 130 años la Academia de Guerra se presenta como el instituto de educación superior por excelencia del Ejército de Chile y como referente internacional en la formación de los oficiales de Estado Mayor.
En su trayectoria ha colaborado en la organización de otras Academias o Escuelas de Guerra en Latinoamérica y muchos de sus profesores han prestado servicios en universidades nacionales.
En la actualidad, la Academia acoge en sus aulas a docentes y alumnos de Alemania, Argentina, Brasil, Colombia, Corea, Ecuador, España, El Salvador, Estados Unidos de América y los Estados Unidos Mexicanos.
A partir de 2015, en forma inédita, se incorporan como alumnos funcionarios chilenos pertenecientes al Ministerio de Defensa Nacional y Ministerio de Relaciones Exteriores.
Actualmente, la formación que reciben los oficiales que ingresan a la Academia los capacita para desempeñarse como comandantes de las unidades del Ejército de Chile y como asesores en todos los niveles de la conducción militar, incluso en organismos civiles relacionados con la defensa nacional.
Dentro del aporte de la Academia hoy en día, pone a disposición de la comunidad una variada gama de diplomas y maestrías, entre las que se destacan las de Magíster en Historia Militar y Pensamiento Estratégico, Magíster en Planificación y Gestión del Riesgo de Desastres y Estratégica y Magíster en Planificación y Gestión Estratégica.